La aprobación de la objeción de conciencia institucional en el pleno del Consejo Constitucional ha generado una fuerte controversia entre el oficialismo y la oposición. Los consejeros oficialistas consideran esta norma como un "engendro constitucional" y lamentan su aprobación, ya que creen que podría tener efectos más allá de la Ley de Interrupción Voluntaria del Embarazo en tres causales (IVE). Además, advierten que en los establecimientos educacionales los estudiantes podrían ser segregados por sus creencias y orígenes.

El consejero Yerko Ljubetic (CS) señaló que esta medida no existe en ninguna constitución del mundo y que las objeciones de conciencia son cuestiones extremadamente excepcionales, ya que permiten a una persona eximirse del cumplimiento de sus obligaciones legales en virtud de sus propias convicciones, y podrían extenderse sin límite alguno.

Por otro lado, los consejeros de oposición destacan que las normas no son inmutables y están abiertos a la posibilidad de realizar modificaciones. El consejero republicano Luis Silva sostuvo que no hay ninguna norma jurídica que, llevada al extremo, no resulte ridícula. Además, recordó que en el derecho chileno, la objeción de conciencia está explícitamente consagrada en la ley que despenaliza el aborto en tres causales, y que no es una novedad en el mundo.

Organizaciones que promueven los derechos sexuales y reproductivos, como Corporación Miles, han seguido de cerca los avances y límites de la Interrupción Voluntaria del Embarazo. Explican que actualmente los establecimientos públicos no pueden objetar institucionalmente, pero los centros de salud privados sí pueden hacerlo. Esto significa que los recintos y sus directivos no pueden obligar a su personal de salud a ser objetores y deben respetar si realizan la IVE en otros establecimientos.

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